上海公司税务注销清税流程是一个复杂但重要的过程，涉及多个环节和步骤，确保公司税务状况的合法性和透明性。以下是一般流程的概述，具体操作时，建议咨询专业的税务顾问或会计师，以确保符合最新的法律法规要求。

1. 停止经营业务

首先，公司应当停止所有经营活动，确保没有未完成的业务或未结算的款项。

2. 清理未了结业务

• 完成所有未了结的业务和合同，包括但不限于客户订单、供应商账款、员工工资等。
• 处理完所有未结清的税务问题，包括但不限于未申报的增值税、企业所得税等。
• 处理完所有未了结的法律事务，如合同纠纷、劳动争议等。

3. 清理财务账目

• 详细记录所有财务活动，包括收入、支出、资产、负债等。
• 与会计师或税务顾问合作，确保所有财务记录准确无误。

4. 申报并清缴税款

• 向税务局提交《注销税务登记申请表》。
• 清缴所有未缴的税款、滞纳金、罚款等。
• 完成所有未申报的税务事项，包括但不限于增值税、企业所得税、印花税等。

5. 申请注销税务登记

• 向税务局提交《税务登记证》、《营业执照》等文件。
• 提交《注销税务登记申请表》及相关证明材料。
• 经税务局审核通过后，完成税务登记注销手续。

6. 注销银行账户

• 前往银行或网上银行，将公司的所有银行账户注销。
• 确保所有银行账户的余额为零。

7. 注销公司注册

• 向工商行政管理部门提交《公司注销申请书》、《清算报告》、《股东会决议》等相关文件。
• 完成公司注册注销手续。

8. 公告

• 在国家企业信用信息公示系统上公告公司注销信息，公告期为45天。

9. 完成所有剩余事务

• 完成所有其他必要的法律事务，如产权转让、债权债务处理等。

以上流程仅提供一般指导，具体操作需根据实际情况和当地法律法规进行调整。在处理过程中，务必保持与税务机关、银行、工商部门等相关部门的沟通，确保流程顺利进行。